Çoğul gebeliklerde tekil gebeliklerde olduğu gibi gerekli durumlarda amniyosentez yapılabilir. Fakat girişime bağlı riskler ve yanlış örnek alma olasılığı vardır. İşlemin riskli gebelik uzmanı (maternal fetal tıp uzmanı/perinatolog) ya da ikiz gebelik amniyosentezinde deneyimli hekimler tarafından yapılması gereklidir. Teknik olarak mümkün ise tek bir iğne girişi ile sıvı alınması riski azaltır.