Amniyosentez işleminin son adet tarihinden itibaren hamileliğin 16-18. haftaları arasında (gebeliğin ikinci trimesterinde) yapılması önerilir. Bu haftalar bebek için güvenlidir ve amniyosentez sıvısı içerisinde inceleme için yeterli hücre bulunma olasılığı fazladır. 16-18 haftada bebeğin amniyon sıvısının miktarı yaklaşık 200-300 mililitredir. Alınan sıvı bebeğin fonksiyonlarını etkilemez ve kısa sürede yeniden üretilir. Erken amniyosentez (15. haftadan önce) laboratuvar şartları (yeterince fetal hücre elde edilemeyebilir) ve işlemden kaynaklanan risklerin yüksekliği nedeniyle önerilmemektedir.