Amniyosentez işleminin riskleri anne-baba adaylarını rahatsız eder. Eskiden ultrasonun yaygın olmadığı dönemlerde daha yüksek olan riskler günümüzde oldukça az görülür. 1976 yılında geniş kapsamlı bir araştırma sonucu Amerikan Ulusal Sağlık Enstitüleri gebeliğin ikinci trimesterinde yapılan amniyosentezin güvenli olduğu yönünde görüş bildirmiştir. Amniyosentezde riskler genelde az görülür ve şöyle özetlenebilir:

  • Gebelik kaybı: Çiftleri en fazla endişelendiren konu olmakla birlikte işleme bağlı düşük riski son derece azdır. Amerikan Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezinin verilerine göre amniyosenteze bağlı düşük riski 200-400 işlemde 1’dir. İşlemi yapan kişinin tecrübesi arttıkça düşük riski azalmaktadır. Düşüğün en sık nedeni, gebelik kesesinde açılan delikten kese içindeki sıvının sızarak boşalmasıdır. İşlem sırasında mikropların rahim içindeki dokulara yayılması ve rahim duvarından kaynaklanan kanamalar da nadiren düşük nedeni olabilir. Ancak amniyosentez yapılmayan gebelerde de çeşitli nedenlerle düşük olabileceği unutulmamalıdır. Ayrıca kaybedilen gebeliklerin yaklaşık yarısında bebeğin zaten var olan hastalıklarının önemli bir etken olduğu gösterilmiştir.
  • Vajinal yoldan sıvı gelmesi: % 1 olguda vajinadan az miktarda sıvı gelebilir ve genellikle işlem sonrası erken dönemde oluşur. Çoğu kez amniyon zarı 1-2 gün içinde kendini onarır ve sıvı kaçağı kaybolur, gebelik sorunsuz devam eder. Sıvının tamamen boşaldığı ve yeniden tamamlanamadığı durumlar nadirdir. Bu tip durumlarda sağlıklı fetus gelişimi olmaz ve düşükle sonlanabilir.
  • Kanama: İşlem yerinde kanama çok nadirdir ve olursa da genellikle kendiliğinden durur.
  • Enfeksiyon: Steril şartların sağlandığı durumlarda son derece nadir olarak görülür. Nadir olmakla birlikte enfeksiyon oluşması ciddi bir durumdur. Düşüğe neden olmanın yanında rahim duvarının ve içindeki dokuların enfeksiyonu nedeniyle anne için de risklidir ve gebeliğin sonlandırılması gerekir.
  • İğnenin bebeğe zarar vermesi: Günümüzde işlem ultrasonografi altında doğrudan görüş ile ve fetusdan uzak bir bölgeden sıvı alınması ile yapılır, dolasıyla bebeğin iğneden zarar görme olasılığı yok denecek kadar azdır.
  • Kan uyuşmazlığı: Amniyosentez işlemine bağlı olarak bebeğe ait dokulardan fark edilmeyecek kadar küçük kanamalar olabilir. Anne kan grubu Rh (-) ve baba kan grubu Rh (+) ise bebeğin kan grubunun Rh (+) olması ihtimali yüksektir ve az miktarda fetal kan anne dolaşımına geçtiğinde anne kanında bebeğin kan hücrelerini hasara uğratabilecek antikorlar oluşabilir. Bu antikorların oluşmasını önlemek amacıyla işlemden sonra anne adayına Anti D uygulanır.
  • İşlemin başarısız olması: Uygun bir giriş alanı bulunamadığında ya da amniyon zarı rahim duvarından ayrılıp içeri doğru bombeleştiğinde iğnenin kese içine girmesi mümkün olmayabilir. Bu gibi bir durumda işlem birkaç gün sonra tekrarlanır. Alınan sıvıdan yeterince hücre elde edilemez ya da çoğaltılamazsa (az ya da kanlı sıvı) işlemin tekrarlanması gerekebilir. Birden fazla giriş yapıldığında tüm riskler de artar.