• Gebelik kaybı: Kordosentez işleminde iğnenin girip çıkması söz konusu olduğu için düşük yapma tehlikesi vardır. Bu işlemde bebeği kaybetme riski %1-2 civarındadır.  Bununla birlikte testi yapılan bebek o sırada zaten hasta olduğu için, bebeği kaybetme nedeninin yapılan işlemden mi yoksa bebeğin mevcut hastalığından mı kaynaklandığını anlamak çoğu kez mümkün olmaz. Girişim sonrası görülen fetal kayıp oranı; işlemin yapılma endikasyonu, fetal bozukluğun yapısı, gebelik yaşı ve olası kromozom anomalisine bağlıdır.
  • Kanama: Kordun delinme bölgesinde işlem sonrasında ultrason ile kanama görülebilir. Bu durum genellikle kendiliğinden durur ve bir problem yaratmaz.
  • Enfeksiyon: Ciddi bir durumdur. Gebeliğin sonlandırılması gerekir.
  • İğnenin bebeğe değmesi ve zarar vermesi: Günümüz tekniğiyle bu olasılık çok azdır.
  • Kan uyuşmazlığı: Rh grup uyuşmazlığı olan gebelerde (anne Rh-, baba Rh+) kordosentez işlemi izoantikorların oluşmasına neden olabilir. Bu durumu önlemek amacıyla işlemden sonra gebeye  Anti D uygulanır.
  • İğnenin girdiği yerde karın duvarında kanama: Nadirdir ve çoğu kez kendiliğinden geçer.