Kordosentez aynen amniyosentez gibi yapılır.  Amniyosentez işleminde amniyon sıvısından örnek hücre alınır, kordosentez işleminde ise bebeğin göbek kordonundan kan hücresi alınır.  Her ikisinde de işlemin uygulanma şekli aynıdır. Kanın alınması için, karın duvarından özel bir iğne ile girilir ve işlem ultrasonla gözlem altında yapılır. Bu işlemle 1-4 ml arasında kan alınır. Alınan bu kan ile bebeğin genetik teşhisi konulur. Teknolojinin ve deneyimin gelişmesi sayesinde risk oranı bir hayli azalmış olsa da, bu tehlike tamamen sona ermiş değildir. Bu nedenle kordosentez işlemini yapmayı gerektirecek bir durumun varlığının iyi bilinmesi ve elde edilecek yararın bu tehlikeyi göze almaya değip değmeyeceğinin iyi analiz edilmesi gerekir.  Ayrıca bu işlemin mutlaka tecrübeli ve bilgili uzmanlar tarafından yapılması şarttır.  Böylece riskin azalması mümkün olabilir. İlerleyen yıllarda kordosentez işleminin yapılma sıklığında bir hayli azalma olacağı tahmin edilmektedir.  Çünkü artık annenin kanında da bebeğe ait hücrelerin ya da DNA’nın dolaştığı tespit edilmiştir. Böylece bebeğin genetik bir problemi olup olmadığı, enfeksiyon varlığı ve diğer durumlar anne kanından öğrenilebilir duruma gelecek ve dolayısıyla kordosenteze gerek kalmayabilecektir.