• Ağrı: Birçok kadın, işlem sırasında özellikle iğne rahme girerken bir miktar rahatsızlık hisseder ancak bu ağrı  şiddetli olmayıp sadece bir-iki saniye sürer.
  • Gebelik kaybı: Koryon villus biyopsisine bağlı düşük oranı %0,5-1 (1/100-1/200)’dür. Su kesesinin açılması, işlem sırasında mikropların rahim içindeki dokulara geçişi ve rahim duvarından kaynaklanan kanamalar düşük nedeni olabilir. Biyopsi yapılmayan gebelerde de çeşitli nedenlerle düşük olabileceği unutulmamalıdır.
  • Vajinal yoldan su gelmesi: Çoğu kez gebelik sorunsuz devam eder.
  • İğnenin girdiği yerde karın duvarında kanama: Nadirdir ve çoğu kez kendiliğinden geçer.
  • Enfeksiyon: Ciddi bir durumdur. Gebeliğin sonlandırılması gerekir.
  • İğnenin bebeğe değmesi ve zarar vermesi: Günümüz tekniğiyle bu olasılık çok azdır.
  • Kan uyuşmazlığı: Rh grup uyuşmazlığı olan gebelerde (anne Rh-, baba Rh+) koryon villus biyopsisi izoantikorların oluşmasına neden olabilir. Bu durumu önlemek amacıyla işlemden sonra Rh – anne adayına Anti D uygulanır.